L’origine del nome Caprara è sconosciuto. Pare derivi da un’attività molto praticata nel Medioevo dalla popolazione del posto: l’allevamento delle capre. Ma non è neppure azzardata l’altra ipotesi che accosta il nome alla realtà del suo territorio interamente coperto nell’Alto Medioevo da un fitto bosco, nel quale vivevano numerosi caprini selvatici.
La località prende il nome di Caprara tra la fine del Quattrocento e l’inizio del Cinquecento. In precedenza è nota come Casale di Roiano o Rogiano (Chronicon Casauriense).
La connessione tra il toponimo e il mammifero trova conferma nell’antico sigillo che reca la scritta “Università di Caprara” (rimasta incompleta forse per un errore dell’incisore) ed al centro la figura di un capretto. In alcuni documenti la borgata è indicata con i toponimi di Villa Capraria o Villa Capracia.